A RNES apresenta, do ponto de vista da flora e vegetação aquática, dois ambientes claramente distintos: o sapal, sob o efeito da água do mar e os ecossistemas aquáticos dulciaquícolas, caracterizados pela presença de água doce.
Sapal:
- Sapal baixo
- Sapal alto
- Sapal de transição
Ecossistemas aquáticos dulçaquícolas:
- Charcos temporários
- Charcos distróficos
- Vegetação aquática de águas eutróficas permanentes e lênticas com plantas enraizadas ou suspensas, turfeiras, juncais e caniçais, urzais higrófilos, galerias de Tamarix canariensis, galerias com salgueirais e salgueirais turfófilos.
